一、综合科。负责综合协调、文电、会务、档案、机要、督查督办等中心日常运转工作；承担保密、安全、绩效管理、信访维稳、固定资产管理、后勤保障等工作。
二、口岸与物流产业科。承担全市口岸与物流业运行分析、先进技术和设施设备的推广工作；协调推进公共口岸体系、海关特殊监管区域的建设；组织拟订促进口岸建设与发展的政策措施并推进实施；统筹建立和完善现代物流服务体系，参与拟订县乡村三级物流配送网络体系建设、电商物流发展的相关政策措施；负责先进运输方式和现代物流技术的推广；负责物流企业、物流市场的培育；负责全市物流业运行统计监测分析；负责全市重大物流项目收集、审核、资金统筹、监督实施和考核等事务性工作；牵头协调重大物流项目招商引资工作，参与全市重点物流项目的登记备案等事务性工作。
三、多式联运科（园区建设科）。参与拟订全市口岸建设和物流产业的发展战略、中长期发展规划以及政策措施；研究分析口岸建设和物流业发展的重大问题并提出对策建议；负责物流枢纽的规划、建设和发展，推进重大物流项目建设；协调推进国家物流枢纽城市建设；协调建立以广元为枢纽的水路、航空、铁路、公路等多式联运体系；协调推进水路、航空、铁路、公路等物流通道的开通。
四、航空发展服务科（市人民政府机场工作办公室）。负责全市民用航空发展规划编制及组织实施相关事务服务工作；负责全市净空安全管理、监督、指导相关事务服务工作；配合指导监督机场安全生产工作；开展航线市场营销，推进机场改造，指导通用航空产业园区建设；协调推进国际航线开通，发展国际物流。